Comparison of: (A) sequence2.fasta 126742336 Ochotona curzoniae hemoglobin alpha chain mRNA, c - 429 nt (B) sequence1.fasta 110005943 Pantholops hodgsonii hemoglobin alpha chain mRNA, - 502 nt using matrix file: DNA (5/-4), gap-open/ext: -12/-4 E(limit) 0.05 10 20 30 40 50 60 126742 ATGGTGCTGTCTCCCGCTGACAAGGCCAACGTCAAGGCCGCCTGGGGCAAGGTCGGGGGC :::::::::::: :::: :::::: :::: ::::::::::::::::::::::: :: ::: 110005 ATGGTGCTGTCTGCCGCCGACAAGTCCAATGTCAAGGCCGCCTGGGGCAAGGTTGGCGGC 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 126742 CACGCCGGCGAGTATGGCGCCGAGGCCCTGGAGAGGATGTTCCTGAGCTTCCCCACCACC :::: :: : :::::::: ::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::: 110005 AACGCTGGAGCTTATGGCGCAGAGGCTCTGGAGAGGATGTTCCTGAGCTTCCCCACCACC 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 126742 AAGACCTACTTCCCCCACTTCGACGTGACCCACGGCTCCGCCCAGGTCAAGGCCCACGGC :::::::::::::::::::::::: ::: ::::::::::::::::::::::: ::::::: 110005 AAGACCTACTTCCCCCACTTCGACCTGAGCCACGGCTCCGCCCAGGTCAAGGGCCACGGC 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 126742 AAGAAGGTGGCCGATGCCCTCACCCAGGTCGTCGACCACTTGGACGACCTGCCCGGCGCC :::::::::::: :: :: ::: : : :: : :::: :::::::::::::::: :: 110005 GAGAAGGTGGCCGCCGCGCTGACCAAAGCGGTGGGCCACCTGGACGACCTGCCCGGTACC 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 126742 CTGTCCGCGCTCAGCGACCTGCACGCCCAAAAGCTGCGGGTGGACCCTGTTAACTTCAAG ::::: : :: :: :::::::::::::: :::::::: :::::::: :: ::::::::: 110005 CTGTCTGATCTGAGTGACCTGCACGCCCACAAGCTGCGTGTGGACCCGGTCAACTTCAAG 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 126742 CTCCTGGCTCACTGCCTGCTGGTGACCCTGGCCAACCACCACCCCAATGAATTCACTCCT :: ::: ::: ::::::::::::::::::: ::::: ::::::::: ::::: :: 110005 CTTCTGAGCCACACCCTGCTGGTGACCCTGGCCTGCCACCTCCCCAATGATTTCACCCCC 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 126742 GCGGTGCACGCCTCCCTGGACAAGTTCCTGGCCAACGTGAGCACCGTGCTCACCTCCAAG :: :: ::::::::::::::::::::: :::::: :::: :::::::::: :::::::: 110005 GCCGTCCACGCCTCCCTGGACAAGTTCTTGGCCAGCGTGGGCACCGTGCTGACCTCCAAA 370 380 390 400 410 420 126742 TATCGTTAA :: :::::: 110005 TACCGTTAA 430 150 160 170 180 190 200 126742 CGTGACCCACGGCTCCGCCCAGGTCAAGGCCCACGGCAAGAAGGTGGCCGATGCCCTCAC : ::: : : : :: :: :: : : :: : : : :: : : : : : : 110005 CCTGAGCTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCCCACTTCGACCTGAGCCACGGCTCCGC 110 120 130 140 150 160 210 220 230 240 250 260 126742 CCAGGTCGTCGACCACTTGGACGACCTGCCCGGCGCCCTGTCC---GCGCTCAGCGACCT ::::::: : :::: :: : :: ::: ::: ::: :: ::: : :: :::: 110005 CCAGGTCAAGGGCCACGGCGAGAAGGTGGCCGCCGCGCTGACCAAAGCGGTGGGCCACCT 170 180 190 200 210 220 270 280 290 300 310 126742 GCACGCCCAAAAGCTGCGGGTGGACCCTGT-TAACTTCAAGCTCCTG---GCTCACTGCC : ::: :: ::: : : ::::::: : : : : :::: :: ::: : 110005 GGACGACC------TGCCCG-GTACCCTGTCTGATCTGAGTGACCTGCACGCCCACAAGC 230 240 250 260 270 280 320 330 126742 TGCTGGTGACCCTGGCCAAC ::: ::: :: :: :::: 110005 TGCGTGTGGACCCGGTCAAC 290 300 40 50 60 70 80 90 126742 CGCCTGGGGCAAGGTCGGGGGCCACGCCGGCGAGTATGGCGCCGAGGCCCTG :: :: : : ::::: :::::::: ::::: : : :::: :: ::: 110005 CGGCTCCGCCCAGGTCAAGGGCCACG---GCGAGAAGGTGGCCGCCGCGCTG 160 170 180 190 200 40 50 60 70 80 90 126742 GCCGCCTGGGGCAAGGTCGGGGGCCACGCCGGCGAGTATGGCGCCGAGGCCCTGGAGAGG :::: : : ::: ::: :: : : ::: :: ::::: : : : :::::: 110005 GCCGACAAGTCCAATGTCAAGGCCGCCTGGGGCAAGGTTGGCGGCAACG--CTGGAGCTT 30 40 50 60 70 80 100 110 120 130 140 150 126742 ATGTTCCTGAGCTTCCCCACCACCAAGACCT-ACTTCCCCCACTTCGACGTGACCCACGG ::: : ::: :: : ::: : : :::::: : : :::: :: 110005 ATGGCGCAGAGGCTCTGGAGAGGATGTTCCTGAGCTTCCCCAC--CACCAAGACCTACTT 90 100 110 120 130 160 170 180 190 200 210 126742 CTCCGCCCAGGTCAAGGCCCACGGCAAGAAGGTGGCCGATGCCCTCACCCAGGTCGTCGA : :: : : : : ::::::: :: : : : :: : : :: :: : 110005 CCCCCACTTCGACCTGAGCCACGGCTCCGCCCAGGTCAAGGGCCACGGCGAGAAGGTGGC 140 150 160 170 180 190 220 230 240 250 260 126742 CCACTTGGACGACCTGCCCGGCGCCCTGTCCGCGCTCAGCGACCTGCACG : : :: ::: :: :: :: : :: :::::::: :: 110005 C------GCCGCGCTGACCAAAGCGGTGGGCCACCTGGACGACCTGCCCG 200 210 220 230 240 110 120 130 140 150 160 126742 CCTGAGCTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCCCACTTCGACGTGACCCACGGCTCCGC ::::::: : : :: :: :: : : :: : : : ::: :: :: : 110005 CCTGAGCCACGGCTCCGCCCAGGTCAAGGGCCACGGCGAGAAGGTGGCCGCCGCGCTGAC 160 170 180 190 200 210 170 180 190 200 210 126742 CCAGGTCAAGGCCCACGGCAAGAAGGTGGCCGATGCCCTCACCCAGGTCGTCGACC---A : : : :: :::: : : :: ::: : :::: : : : :::: : 110005 CAAAGCGGTGGGCCACCTGGACGACCTGCCCGGTACCCTGTCTGATCTGAGTGACCTGCA 220 230 240 250 260 270 220 230 240 250 260 270 126742 CTTGGACGACCTGCCCGGCGCCCTGTCCGCGCTCAGCGACCTGCACGCCCAAAAGCTGCG : :: : :::: : : :: : : ::: : :: : ::: : :::: 110005 CGCCCACAAGCTGCGTGTGGACCCGGTCAACTTCA---AGCTTCTGAGCCACACCCTGCT 280 290 300 310 320 280 126742 GGTGGACCCTG :::: :::::: 110005 GGTG-ACCCTG 330 30 40 50 60 70 126742 GCCAACGTCAAGGCCGCCTGGGGCAAGGTCGGGGGCCACGCCGGCGA ::: : ::::::: : : : : ::::: :: ::: ::: : : : 110005 GCCCAGGTCAAGGGCCACGGCGAGAAGGT-GGCCGCCGCGCTGACCA 170 180 190 200 210 160 170 180 190 200 210 126742 GCTCCGCCCAGGTCAAGGCCCACGGCAAGAAGGTGGCCGATGCCCTCACCCAGGTCGTCG :: : ::: : : : ::: : : : : :: ::: :::::: : :::: 110005 GCCACACCCTGCTGGTGACCCTGGCCTGCCACCTCCCCAATGATTTCACCCCCGCCGTCC 320 330 340 350 360 370 220 230 240 250 260 126742 ACCACT---TGGACGA---CCTGCCCGGCGCCCTGTCCGCGCTCAGCGACCTGCACG--C :: :: ::::: : : :: :: ::: ::: ::: ::::: :: : 110005 ACGCCTCCCTGGACAAGTTCTTGGCCAGCGTGGGCACCGTGCT----GACCTCCAAATAC 380 390 400 410 420 430 270 126742 CCAAAAGCTGCGG : :::::: :: 110005 CGTTAAGCTGGGG 440 30 40 50 60 126742 CCAACGTCAAGGCCGCCTGGGGCAAGGTCGGGGGCCACGCCGGC :: :::: : ::: :: :: :::: :: :: : :: ::: 110005 CCGCCGTCCACGCCTCCCTGGACAAGTTCTTGGCCAGCGTGGGC 370 380 390 400 370 380 390 400 410 126742 CGCCTCCCTGGACAAGTTCCTGGCC---AACGTGAGCACCGTGCTCACC : :: ::: :: :::: :: : : :: ::: : ::: ::: ::: 110005 CTCCGCCCAGGTCAAGGGCCACGGCGAGAAGGTGGCCGCCGCGCTGACC 170 180 190 200 210